ניתן להכין קופסאות נייר שוקולד ממגוון חומרים, אך חלק מהחומרים הנפוצים ביותר כוללים:

1. קרטון: קרטון הוא חומר רב תכליתי ובמחיר סביר המשמש בדרך כלל להכנת קופסאות נייר שוקולד. הוא עמיד, קל משקל וניתן לחתוך, לקפל ולעצב אותו בקלות כדי ליצור עיצובים וגדלים שונים של קופסאות.
2. נייר קראפט: נייר קראפט הוא סוג של נייר העשוי מעיסת עץ, והוא ידוע בחוזקו ובעמידותו.
3. ניירות מיוחדים: כמה קופסאות נייר שוקולד עשויות מניירות מיוחדים, כגון נייר מתכתי, נייר בעל מרקם או נייר מובלט. ניירות אלו יכולים להוסיף מגע יוקרתי או דקורטיבי לקופסה, מה שהופך אותה לאטרקטיבית יותר עבור הצרכן.